HuRI人类蛋白互作组数据库

发布者:办公室发布时间:2020-04-10浏览次数:10

访问链接:http://www.interactome-atlas.org/


数据库简介:

202048日,顶尖学术期刊《自然》发表了一篇重要论文:一支大型跨国科研团队发表了人类迄今为止规模最大的蛋白互作组数据(The Human Reference Interactome and Literature BenchmarkHuRI),其规模是先前数据的4倍。这份蛋白互作组数据包含了约53000种不同的蛋白互作信息,涉及超过8000种蛋白质,无论是对理解基础的生物学进程,还是对理解疾病的发生,都有着极为重要的意义。

人体由数十亿个细胞组成,每个细胞都具有复杂的生命活动,这大部分是由蛋白质的相互作用来实现的。此前的人类基因组计划为我们提供了生命运行的基础蓝图,但是只有理解了这些单个的分子是如何交互的,我们才真正理解了生命的运作方式,才能破解生理和疾病的奥秘。

人类基因组编码的蛋白质超过两万个。目前为止,系统地在正常的生理和病理细胞环境下识别内源性蛋白-蛋白相互作用(PPIs)还是一件不可能的事情,科学家们也是想出了一些替代的方法来做研究。

目前普遍采用的方法,比如在永生细胞中表达外源蛋白,或者在细胞模型中检测蛋白相互作用,这已经带来了一些常见功能蛋白的相互作用图谱。本次研究使用的是酵母双杂交法(Y2H),简单来说就是把要测试的蛋白两两组合在酵母中表达,如果这两种蛋白能够产生相互作用,就能够启动酵母的特殊分子开关,驱使酵母生长。这样只要看酵母的生长状况,就能够确定可以产生相互作用的蛋白组合了。从这些实验的结果中,研究人员们找到了约53000个比较可信的蛋白互作,涉及到了8000多个不同的蛋白质。值得注意的是,其中大部分都是从未被发现的新型相互作用。

HuRI中我们可以发现前所未知的蛋白质相互作用,并且具有相似交互的蛋白质可能也具有类似的功能,HuRI就成为我们发现新蛋白功能的一种有效工具。蛋白相互作用的信息,可以让我们推测出关于蛋白功能的一些信息——如果两个不同的蛋白质都与类似的蛋白进行结合,那么它们就可能有类似的生物学功能。如果将蛋白互作组数据和组织特异的基因表达数据联合起来看,还能发现在不同组织的发育和维持过程中,所需要的蛋白网络。我们也可以知道那些发生突变的蛋白会如何影响其作用的网络,从而导致疾病。在这些网络里,我们还可以找到不少治疗疾病的潜在靶点。


Data availability

HuRI, Lit-BM and all previously published human interactome maps from CCSB are available at http://interactome-atlas.org

The PPI data from this publication are also available through IntAct with the identifier IM-25472.(编者注:IntAct https://www.ebi.ac.uk/intact/是一个开源的、开放数据的分子相互作用数据库,由来自文献精选的或直接来自数据仓库的数据组成)

All HuRI-related networks from this study are available at NDExbio.org. https://tinyurl.com/networks-HuRI-paper

The raw and analysed proteomic data have been deposited in the PRIDE repository with the accession number PXD012321. https://www.ebi.ac.uk/pride/

Code availability

Analysis code is available at https://github.com/CCSB-DFCI/HuRI_paper.


参考资料:

今日《自然》重磅:迄今最大规模人类蛋白互作组诞生

《自然》重磅:历时十年,超30亿次检测,迄今最大规模人类蛋白互作组诞生

A reference map of the human binary protein interactome | Nature

https://www.nature.com/articles/s41586-020-2188-x

A reference map of the human binary protein interactome.pdf

World's largest map of protein connections holds clues to health and disease

https://www.eurekalert.org/pub_releases/2020-04/uot-wlm040520.php


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