访问链接：https://portals.broadinstitute.org/ccle
数据库简介：
为了深入并准确地刻画癌细胞系的遗传特征，来自美国Broad研究所、Dana-Farber癌症研究所和Novartis生物医学研究所的多个课题组于2012年合作完成了“癌细胞系百科全书”（Cancer Cell LineEncyclopedia, CCLE）计划，对覆盖三十多种组织来源的947种人类癌细胞系进行了大规模深度测序，整合了DNA突变、基因表达和染色体拷贝数等遗传信息。该数据库在向公众开放的七年时间里，已经成为癌症基因组学的标准参考数据库之一：原始论文迄今已被引用约3500次，而仅在2017年9月至今的19个月里就有来自全世界129个国家的88000名用户访问了该数据库。
随着多组学测序技术和癌症精准医学向纵深发展，CCLE数据库也不断在癌细胞系数量和测序信息维度等方向上进行着更新。2019年5月9日，CCLE项目组在Nature上发表长文Next-generation characterization ofthe Cancer Cell Line Encyclopedia，报道了癌细胞系百科全书的重大更新。
在之前已有的DNA突变、基因表达和染色体拷贝数信息之外，CCLE项目人员对1000余种癌细胞系做了以下几个方面的全新大规模分析（下图）：
1）对899种癌细胞系的213类蛋白质进行了基于反向蛋白质阵列（reverse-phase protein array, RPPA）的定量分析；
2）对1019种癌细胞系进行了基于深度RNA测序（RNA-sequencing）的基因表达和可变剪切定量分析；
3）对326种癌细胞系进行了全外显子测序（whole-exomesequencing, WES）和对329种癌细胞系进行了全基因组测序（whole-genome sequencing）；
4）对843种癌细胞系进行了基于简化重亚硫酸盐测序（reduced representation bisulfide sequencing, RRBS）的启动子甲基化水平定量分析；
5）对954种癌细胞系进行了miRNA表达定量分析；
6）对897种癌细胞系进行了组蛋白修饰水平定量分析；
7）对928种癌细胞系的225类代谢物进行了定量分析。
参考资料：
专家点评Nature | 第二版“癌细胞系百科全书”正式发布
https://zhuanlan.zhihu.com/p/67373805
Next-generation characterization of the Cancer Cell Line Encyclopedia
https://www.nature.com/articles/s41586-019-1186-3
The Cancer Cell Line Encyclopedia enables predictive modelling of anticancer drug sensitivity
https://www.nature.com/articles/nature11003
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