GSCALite基因组癌症分析平台

发布者: 发布时间:2020-01-02浏览次数:7229

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数据库简介:

GSCALite 是一个基因组癌症分析平台。肿瘤相关基因的 DNA RNA 的改变可能有助于肿瘤的发生、发展、诊断、预后和治疗。

在这个 GSCALite 中,我们整合了来自 TCGA 33 种癌症类型的癌症基因组数据、来自 GDSC CTRP 的药物反应数据,以及来自 GTEx 的正常组织数据,在一个统一的数据分析流程中进行基因集分析。

可以分析的基因集有:

1mRNA:差异表达及生存分析

2SNV:统计学、分布、类型及其生存意义。

3CNV:杂合/纯合 CNV 缺失/扩增的统计。

4)甲基化:甲基化影响生存和表达。

5)癌症通路活性:10 种癌症相关通路的活性。

6miRNA 网络:通过 miRNA 的基因调控网络。

7)药物分析:表达与药物敏感性的相关性 (IC50)

8GTEx:基因在正常组织和 eQTL 中的表达。


参考资料:

一个国人研发的科研工具,竟然如此强大! https://mp.weixin.qq.com/s/79Br-3shE54vsOM1k_zFSw


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