访问链接:http://bioinfo.life.hust.edu.cn/web/GSCALite/
数据库简介:
GSCALite 是一个基因组癌症分析平台。肿瘤相关基因的 DNA 或 RNA 的改变可能有助于肿瘤的发生、发展、诊断、预后和治疗。
在这个 GSCALite 中,我们整合了来自 TCGA 的 33 种癌症类型的癌症基因组数据、来自 GDSC 和 CTRP 的药物反应数据,以及来自 GTEx 的正常组织数据,在一个统一的数据分析流程中进行基因集分析。
可以分析的基因集有:
1)mRNA:差异表达及生存分析
2)SNV:统计学、分布、类型及其生存意义。
3)CNV:杂合/纯合 CNV 缺失/扩增的统计。
4)甲基化:甲基化影响生存和表达。
5)癌症通路活性:10 种癌症相关通路的活性。
6)miRNA 网络:通过 miRNA 的基因调控网络。
7)药物分析:表达与药物敏感性的相关性 (IC50)。
8)GTEx:基因在正常组织和 eQTL 中的表达。
参考资料:
一个国人研发的科研工具,竟然如此强大! https://mp.weixin.qq.com/s/79Br-3shE54vsOM1k_zFSw
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