TCM@TAIWAN台湾中医药资料库

发布者:办公室发布时间:2018-11-15浏览次数:10

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数据库简介:

台湾中医药数据库是目前全世界最大提供下载虚拟筛选的中医药小分子数据库。

自古以来,中医药在疾病的治疗,一直占有重要的一席之地。 在诸多中医药典籍中,例如「神农本草经」、「本草刚目」等,已经成为日后中医药的精髓。 然而在结合中医药新药开发以及现代的计算机辅助药物设计上的桥梁方面,则鲜少有学者深入探讨。 有鉴于中医药的发展与产值近年来爆炸性的成长,各国皆开始重视中医药以及草药的开发,于是计算与系统生物学实验室在2003年开始致力于中医药科学化的工作。 由于世界上没有专门的中医药数据库可以提供下载所有成份化合物,进而进行虚拟筛选。 因此,经过一番挣扎,我们决定自己来完成这艰巨的工作,也感谢中国医药大学的支持,因此实验室花了将近七年的时间, 逐一的搜寻文献中每一样中医药的成份,并且根据文献中的记载,把每一种中医药的化合物,用软件画出结构式, 建立二维与三维结构数据。 所有的化合物都已经经过MM2 (molecular mechanics)分子力场处理,做能量的最小化与几何构型的优化,最后存成扩展名mol2的格式。

中医药数据库@Taiwan (Traditional Chinese Medicine Database@Taiwan)提供多样的查询,且是目前为止全世界最大可以提供免费下载数据库内的中草药化合物, 由于数据库内提供的文件格式是可以直接进行分子对接(docking)和分子动力仿真(molecular dynamics simulation)的,因此他的独特性以及完整性也是目前为止,只有本数据库拥有。 目前完成300种中医药完整成份的收集。 本网站最主要的特点如下:

本网站包含中医药四百四十三种,超过两万笔纯成份化合物,并且分门别类,提供了简单的查询,包括中医药成份的查询,或已经知道某种成份,而查询此成份在哪几种中医药也会出现。 而进阶查询则提供了以结构为基础的查询,用户可以在软件上画出想要查询的主结构,且再输入限制条件,例如分子量、分子体积、Log P、氢键接受体的数目等等数种条件的复合式查询。

本网站的化合物2D结构为cdx档案,3D结构为mol2档,可以在网站上直接以软件观看,也可以直接下载后使用docking软件进行对接,不需要再进行画出化合物的二维结构, 再转成三维结构式以及转档或能量的最小化与几何构型的优化。

有别于一般中医药或中草药网站,本网站提供每一种中医药完整的化合物(例如川芎在本网站可以查询到含有210种化合物,远比其他中医药网站完整),并且附上参考文献,以供查考。

提供用户菜单点选式的下载各种中医药以及中草药的化合物,也可以整个网站的所有中医药化合物一次完整下载,方便用户做某类中医药的研究。 (例如点选安神药,可以出现数种安神用的中医药),或全面性的中医药新药虚拟筛选。

提供用户上传的功能,以利此数据库继续增长。 中医药数据库目前建立的规格,是希望建立起全世界最大也最完整,功能最齐全的中医药以及中草药虚拟筛选交流平台,基于取之于社会,用之于社会的理念,让许多研究学者一同参与建构数据库,并且免费提供自由下载是我们分享此数据库, 不把他商业化的主因。 由于本数据库是属于免费自由下载的交流平台,因此也希望用户发现我们的网站不够充实之处,可以自由上传,并且附上参考数据。

在计算服务方面,本网站可以让用户注册后,上传他们需要仿真的蛋白质或药物分子进行对接计算、蛋白质-蛋白质交互作用、并且由于过去实验室已经累积大量的QSAR发表结果,也可以进行活性预测,预测的方式包括QSAR、 或使用基因算法找出合适的特性,再以支持向量机进行模型的建构,再以此模型预测活性。

目前仅提供中医药成份数据库,再来将持续增加中草药的部分。

事实上,随着科学的进步,势必每一种中医药的成份,新的化合物一定会不断的被发现,因此我们希望用户也能够把自己发现的中医药以及中草药新的成份,上传给我们团队,并且附上参考文献,一起促进人类在中医药的进步。

我们也希望用户在下载此中草药数据库后,将来在发表论文时,可以引用我们的文章,我们的参考文章如下: PDF; DOI

本网站主要由陈语谦所主持的计算与系统生物学实验室开发以及维护,网站的经费来自中国医药大学。


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