TCGA癌症基因组图谱

发布者:办公室发布时间:2018-07-16浏览次数:10

访问网址:

The Cancer Genome Atlas癌症基因组图谱主页

https://cancergenome.nih.gov/

International Cancer Genome Consortium主页

http://icgc.org/

TCGA数据下载页面

https://portal.gdc.cancer.gov/

Pan-Cancer Atlas泛癌症图谱页面

https://www.cell.com/pb-assets/consortium/pancanceratlas/pancani3/index.html


数据库简介:

2006年,隶属于美国健康研究院(National Institutes of HealthNIH)的美国国家癌症研究所(National Cancer InstituteNCI)和国家人类基因组研究所(National Human Genome Research InstituteNHGRI)发起了癌症基因组图谱(The Cancer Genome AtlasTCGA)计划。TCGA是国际肿瘤基因组协作组(International Cancer Genome ConsortiumICGC)研究计划最大的组成部分,主要是得到一个全面的、多维的,针对多种癌症基因组的图谱。目前完成了33种不同癌症类型的数据,总数据量达到2.5PB。该项目涉及的领域不仅包括基因组测序,还包括转录组、甲基化等表观组学测序以及最终的整合分析,并将它们与临床和影像数据相关联。

2012年,在加利福尼亚州圣克鲁兹召开的一次会议上,医学研究者发起了一项名为泛癌症计划(Pan-Cancer Initiative)的合作,作为TCGA项目的进阶部分,泛癌症计划试图从分子特征角度对癌症进行研究。2018年,泛癌症计划发布了一项更大规模的基因组和分子数据的分析结果,这些数据源自于11,000多例肿瘤患者所患有的33种最普遍的癌症类型,绘制出了一张比癌症基因组图谱更为全面、深入的泛癌症图谱(Pan-Cancer Atlas)。

TCGA收录的了很全面的癌症基因组数据,包括突变,拷贝数变异,mRNA表达,miRNA表达,甲基化数据等。

这些数据可分为三个级别:

level-1: 原始的测序数据(fasta,fastq等)

level-2: 比对好的bam文件

level-3: 经过处理及标准化的数据


如有问题,可联系:

资源建设部:葛老师 025-86185504 getao@cpu.edu.cn

参考咨询部:刘老师 025-86185009 504207428@qq.com