PDB蛋白质结构数据库

发布者:办公室发布时间:2018-03-12浏览次数:10

访问网址:http://www.rcsb.org/

  

数据库介绍:

PDB蛋白质结构数据库(Protein Data Bank,简称PDB)是美国Brookhaven国家实验室于1971年创建的,由结构生物信息学研究合作组织(Research Collaboratory for Structural Bioinformatics,简称RCSB)维护。和核酸序列数据库一样,可以通过网络直接向PDB数据库提交数据。

PDB是目前最主要的收集生物大分子(蛋白质、核酸和糖)2.5维(以二维的形式表示三维的数据)结构的数据库,是通过X射线单晶衍射、核磁共振、电子衍射等实验手段确定的蛋白质、多糖、核酸、病毒等生物大分子的三维结构数据库。

其内容包括生物大分子的原子坐标、参考文献、1级和2级结构信息,也包括了晶体结构因数以及NMR实验数据,等。PDB数据库允许用户用各种方式以及布尔逻辑组合(ANDORNOT)进行检索,可检索的字段包括功能类别、PDB代码、名称、作者、空间群、分辨率、来源、入库时间、分子式、参考文献、生物来源等项。

PDB数据库以文本文件的方式存放数据,每个分子各用一个独立的文件。早期的入口文件文件名后缀为“.pdb”1997年以后每1种生物大分子有1(3)相关文件与之对应,它们是:全文文件“.full”(相当于原来的“.pdb”文件)、书目文件“.biblio”和图形文件“.gif”。可通过FTP下载PDB数据。

数据可通过相关三维立体结构显示软件进行查看、编辑,进一步用于研究。

可与CSD剑桥晶体结构数据库协同使用,参见:CSD剑桥晶体结构数据库http://lib.cpu.edu.cn/61/68/c1173a90472/page.htm

  

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资源建设部:葛老师025-86185504 getao@cpu.edu.cn