CSD剑桥晶体结构数据库试用

发布者:办公室发布时间:2017-12-25浏览次数:68

使用方式:安装客户端或网页版,具体参见使用说明”

试用期限:即日起至20181231

  

数据库介绍:

剑桥结构数据库(Cambridge Structural DatabaseCSD)是世界上全面和最新的完全验证的晶体结构数据库。

CSD含有其他地方无法提供的重要且独特的结构,被全世界的科学家使用,并为化学家提供完整的晶体结构数据库,用于处理任何有机和金属有机化合物。

剑桥晶体数据中心(CCDC, Cambridge Crystallographic Data Centre)1965年起就从事晶体数据的收集、整理与计算机化工作。该中心发展的剑桥结构数据库CSD (Cambridge Structural Database)是基于X光和中子衍射实验唯一的小分子及金属有机分子晶体的结构数据库。

CSD基本上包括已发表的所有原子个数(包括氢原子)500以内的有机及金属有机化合物晶体数据,并对收集的数据进行严格评审。随着PDBNDB(Nucleic Acid Database)快速发展,CSD不再包括低核苷酸的数据,但增加了高分子的数据。

CSD通过CSDS(Cambridge Structural Database System)平台提供服务,CSDS包括功能完整的应用软件,不仅具有数十种查询化合物的方法,还提供了分子结构信息统计方法和三维图像演示方法,以帮助研究人员寻找、观察、分析和总结有关的化合物信息。CSDS软件分为基本软件系统和图形软件系统。

CSDS(剑桥结构数据库系统)包括以下产品系列:

1.CSD 3D Graphics Search System包括PreQuestConQuestMercury: CSDS的核心,目前CSD收集了约87.5万分子结构,并以每年9%的速度进行增长。随着实验方法的进步,新装入数据的质量越来越高,超过91%的数据拥有小于0.05R值。

PreQuest可方便用户构建自己专用的晶体结构数据库,然后可对该数据库用ConQuest独立或与CSD相结合进行搜索。

ConQuest用于从剑桥结构数据库搜索和提取结构信息的基础软件。该软件提供在剑桥结构数据库中全方位的文字与数字查询,同时还具有更高级的搜索功能:

化学亚结构的搜索

几何结构的搜索

分子间和分子内相互关系的搜索

对于所查询的每个三维化学亚结构,ConQuest可帮助用户定义,提取和输出与之对应的一系列几何参数,并直接与Mercury相链接以显示选中的结构,或者与Vista链接以分析和显示所提取的几何数据。

Mercury提供了一整套丰富的软件工具用于显示及比较晶体与分子结构,从而探索分子网络与晶胞堆积。

2.IsoStar:对收集在CSDPDB实验数据库中的非键相互作用的几何参数信息进行快速访问。

3.Mogul:可迅速地从CSD中几百万个各类化学键长,键角和非环扭转角 数据中提取信息以便快捷地显示分子的几何结构。应用范围包括验证新的晶体结构,发现新的几何特性, 查证通过计算而得到的构象(如过滤筛选蛋白质-配体嵌合模拟的结果以便去除不可能的配体构象),及建立配体库以用于蛋白质晶体结构的精调。

4.Solid Form Module

5.DASH

6.Superstar

详细介绍资料请见CCDC网站:

http://www.ccdc.cam.ac.uk/SupportandResources/Support/Documentation/pages/Documentation.aspx

CCDC每年年底发布新版本的CSDSCSDS每年有三次数据更新,用户可以从CCDC的网页上下载新的数据:

http://www.ccdc.cam.ac.uk/products/csd_system/conquest/csd_updates/

CSDS软件适用的操作平台:Windows/UNIX/LINUX/Mac OX

  

使用说明:

Cambridge Structural Database剑桥晶体结构数据库可通过下载安装客户端或网页版来使用。

无论是下载安装客户端还是在网页版使用,均需先行注册个人账号,推荐使用我校域名邮箱(@cpu.edu.cn@stu.cpu.edu.cn)。

相关注册信息如下:

InstitutionChina Pharmaceutical University

Site No.6085

Confirmation Code13A465

具体操作,参见:

CSD客户端下载安装及网页版登录说明.pdf

  

校内用户如需推荐购买,请联系葛老师:

电话:025-86185504

邮箱:getao@cpu.edu.cn