DrugSpaceX成药性拓展空间数据库

发布者: 发布时间:2020-11-25浏览次数:10

访问链接:https://drugspacex.simm.ac.cn/queries/


数据库简介:

在创新药物研发中,一个核心问题是如何快速发现具有理想生物学特性的新化学实体。如果将寻找药物新化学实体看做数据科学中的采样问题,那在已知药物结构所代表的数据点附近进行采样无疑是获得类药分子结构的高效策略之一。

近日,中国科学院上海药物研究所蒋华良、郑明月课题组从已批准上市药物出发,采用电子等排体和化学反应转化规则构建了成药性拓展空间数据库DrugSpaceX (https://drugspacex.simm.ac.cn/)

目前版本的DrugSpaceX包含超过1亿种可用于虚拟筛选的新分子结构,且在类药性、可合成性和三维化学多样性空间覆盖率方面均具有突出的特点,为开展虚拟筛选和药物分子设计提供了高质量的资源。此外,DrugSpaceX还提供了几个规模较小的子集,包括10%多样性子集,扩展的类药性子集,类药性子集,先导化合物子集和片段子集等,可供用户免费下载使用。

除了帮助药物化学家能够进行快速的骨架跃迁和分子设计, DrugSpacesX为我们提供了一种高效探索类药化学空间的思路。可以发现,通过将专家知识和人工智能相互融合,我们可以在巨大的虚拟化学空间中更容易地找到具有理想生物效应的目标化合物。DrugSpaceX也可以与VirtualFlow等虚拟筛选平台结合使用,通过扩大初始筛选规模和提高筛选库质量两方面来进一步提升效率。目前,研发团队还在对DrugSpaceX进行扩充和完善,期待后续可以推出功能更为强大的版本。


参考资料:

DrugSpaceX: a large screenable and synthetically tractable database extending drug space

https://academic.oup.com/nar/advance-article/doi/10.1093/nar/gkaa920/5940503

蒋华良/郑明月团队发布成药性拓展空间数据库 (DrugSpaceX)

https://mp.weixin.qq.com/s/S07nO1TEc39So2vdJUBg3A


扩展内容:

GDB数据库

The Chemical Space Project

https://pubs.acs.org/doi/10.1021/ar500432k

Enumeration of 166 Billion Organic Small Molecules in the Chemical Universe Database GDB-17

https://pubs.acs.org/doi/10.1021/ci300415d

Download Chemical Databases

https://gdb.unibe.ch/downloads/


TIN数据库

TIN − A Combinatorial Compound Collection of Synthetically Feasible Multicomponent Synthesis Products

https://pubs.acs.org/doi/10.1021/ci100443x


ZINClick数据库

ZINClick: A Database of 16 Million Novel, Patentable, and Readily Synthesizable 1,4-Disubstituted Triazoles

https://pubs.acs.org/doi/full/10.1021/ci400529h

ZINClick v.18: Expanding Chemical Space of 1,2,3-Triazoles

https://pubs.acs.org/doi/10.1021/acs.jcim.8b00615

ZINClick

http://www.zinclick.org/


SCUBIDOO数据库

SCUBIDOO: A Large yet Screenable and Easily Searchable Database of Computationally Created Chemical Compounds Optimized toward High Likelihood of Synthetic Tractability

https://pubs.acs.org/doi/10.1021/acs.jcim.5b00203

SCUBIDOO - Screenable Chemical Universe Based on Intuitive Data OrganizatiOn

http://scubidoo.pharmazie.uni-marburg.de/


Virtual Flow-Real Library

An open-source drug discovery platform enables ultra-large virtual screens

https://www.nature.com/articles/s41586-020-2117-z

REAL Library | Virtual Flow

https://virtual-flow.org/real-library

VirtualFlow · GitHub

https://github.com/VirtualFlow


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